大規模、集約化畜牧場的出現，大量的畜禽糞、尿和污水導致環境污染，國外曾有“畜產公害”之稱。目前，我國的“畜產公害”十分嚴重。對畜禽糞尿污染的治理方法很多，如沼氣發酵，還有快速烘干等，還可利用某些微生物對廢棄物的分解，將自然界的生物循環引導到更利于維護生態環境的方向。近年來各國微生物專家研制出一批用于處理畜禽糞便和治理污水的微生物生態環境保護劑，如用于養豬業的環境清潔劑——木糠床微生態菌劑，在許多國家和地區都已廣泛應用。中國臺北在推廣木糠床養清法過程中，研制出適合于高溫、潮濕氣候的亞羅康免洗豬舍養豬法，亞羅康微生物制劑除具有活菌飼料添加劑的功能外、還有消除畜禽糞便惡臭、凈化飼養環境的獨特功效。微生物生態環保制劑還包括快速堆肥制劑和污水處理微生態菌劑等。