亦稱(chēng)鞭毛類(lèi)。主要是對(duì)有核、有葉綠體的單細(xì)胞藻類(lèi)以鞭毛為特征所組成的植物界的一門(mén)。如果從體制的簡(jiǎn)單和復(fù)雜的分類(lèi)學(xué)觀點(diǎn)來(lái)進(jìn)行分類(lèi)，系歸屬于原生動(dòng)物門(mén)，因此，只把其中具有葉綠體的一群作為藻類(lèi)抽出來(lái)，劃分為鞭毛藻類(lèi)。這樣不免帶有人為劃分的因素。雖說(shuō)其分類(lèi)地位人們的意見(jiàn)不同，但以前把這一門(mén)植物則多劃分為以下三部分：（1）鞭毛類(lèi)：雖巳分化出外周包被，但體形易變，有收縮胞及1條至多條鞭毛〔如錐體蟲(chóng)屬（Trypanosoma）、單鞭金藻屬（Chromulina）、裸藻屬（Euglena）等〕；（2）甲藻類(lèi)（Dinoflagellata）：具有由2片至多片纖維素片組成的細(xì)胞壁，體上具有可生出2條鞭毛的特殊橫溝和縱溝〔如裸甲藻屬（Gymnodini-um）、多甲藻屬（Peridinium）等〕；（3）黃藻類(lèi)（Xanthophyceae）：細(xì)胞壁含果膠質(zhì)，運(yùn)動(dòng)細(xì)胞的頂端生有兩條不等長(zhǎng)的鞭毛〔如氣球藻屬（Botrydi-um）、黃絲藻屬（Tribonema）等〕。自1931年A．Pascher提出建議后，人們已同意把重點(diǎn)放在細(xì)胞水平上的多種不同性狀來(lái)進(jìn)行分類(lèi)，即葉綠素、光合成產(chǎn)物、細(xì)胞壁組成和鞭毛結(jié)構(gòu)等。以往對(duì)鞭毛藻類(lèi)的劃分，把它們分成綱以下的分類(lèi)單位：具有多細(xì)胞個(gè)體的類(lèi)群；在有多細(xì)胞的各門(mén)中而停留在單細(xì)胞階段的類(lèi)群以及沿其它途徑進(jìn)化的類(lèi)群。但是，為了便于從外形上描述，今天仍沿用“鞭毛藻”這個(gè)詞，就像仍然沿用藻類(lèi)、菌類(lèi)等術(shù)語(yǔ)一樣。